مدرسه مفيد قدمتی نزدیک به 50 سال دارد؛ يعنی زمانی که مؤسسان مؤسسه خيريه مکتب اميرالمومنين عليه السلام، با محوريت مرحوم حضرت آيت الله موسوی اردبيلی بر آن شدند تا با هدف اشاعه فرهنگ دينی، مدرسه ای را تاسيس کنند.

اين مدرسه در سال 1351 در شکل مدرسه راهنمايی در ميدان انقلاب آغاز به کار کرد و پس از مدتی با تأسيس دبيرستان به خيابان زنجان منتقل شد.

بعد از گذشت دو دهه دومين دبيرستان و راهنمايی مفيد نيز در سال های 71 و 76 در منطقه قيطريه تهران در بلوار کاوه تاسيس شدند و سومين دبيرستان مفيد با گرايش رشته علوم انسانی علاوه بر رشته رياضی و فيزيک در سال 83 حوالی ميدان ونک آغاز به کار کرد.

پس از آن با توجه به احساس ضرورت و اهمیت مقطع دبستان، واحد پیش دبستان و دبستان مفید نیز در سال 88 در خیابان شریعتی فعالیت خود را آغاز نمود.

سپس مجتمع آموزشی مفید در پاسخ به تقاضای دانش آموزان و خانواده های علاقمند به تربیت متعادل دینی و آموزش نوین در شهر مقدس قم، پیش دبستان و دبستان را در سال 1390 و مقطع متوسطه دوره اول را در سال 1392 در محوطه دانشگاه مفید قم راه اندازی نمود.

سرانجام مجتمع مفید در راستای رسالت آموزشی و تربیتی خود و جهت تکمیل مسیر آموزش تا ورود به دانشگاه، اقدام به تأسیس مقطع متوسطه دوره دوم در سال 1398 نموده است.